집중 관리대상에는 직원이 100명이상인 국가기관으로 전체 정부부처는 물론 광역 및 기초 지방자치단체 등이 포함돼 있다.
국세청은 국가기관의 월별 원천세 신고.납부 불성실사례를 정형화하는 한편 재정경제부로 부터 재정정보시스템의 인건비 예산지출자료를 일괄적으로 넘겨받아 최근 5년동안의 연말정산 자료와 대조해 정밀 검증하고 있다.
국세청은 2001년 연말정산 귀속분까지는 원천세를 불성실하게 신고, 납부한 국가기관에 가산세를 물리지 않았던 점을 악용, 일부 공무원이 부당하게 소득공제를 받았을 가능성이 있는 것으로 판단하고 있다.
현행 세법상 부당하게 공제된 원천세에 대해서는 개인이 아닌 원천징수 의무자인 법인에 대해 추징토록 돼 있어 공무원의 경우 국가가 부과하는 벌금성격의 가산세를 다시 국가에 부과할 수 없다는 법논리때문에 가산세를 내지 않는 혜택을 받았다.
그러나 국세청은 2002년 귀속분 연말정산부터 일반 봉급 생활자와의 형평성을 고려해 공무원의 부당 소득공제에 대해 10%의 가산세를 부과키로 했다.
국세청 관계자는 “연말정산시 허위 영수증을 고의로 제출해 소득공제를 받았던 공무원에 대해서는 최근 5년치분에 대한 가산세를 물릴 방침”이라고 밝혔다.